(1) กลุ่มนโยบายและแผนเกษตรอุตสาหกรรม
(2) กลุ่มเครื่องจักรกลและเทคโนโลยีการจัดการเกษตรอุตสาหกรรม
(3) กลุ่มอุตสาหกรรมและผลิตภัณฑ์เกษตรแปรรูป
(4) กลุ่มพัฒนาธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรม
(5) ฝ่ายบริหารทั่วไป
โดยแต่ละส่วนงานมีหน้าที่ดังต่อไปนี้
(1) รวบรวม ศึกษา วิเคราะห์สภาวะเศรษฐกิจเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อจัดทำนโยบายและมาตรการต่าง ๆ ในการแก้ไขปัญหาภาคเกษตรอุตสาหกรรม
(2) จัดทำแผนงานและโครงการ ในการพัฒนาเกษตรอุตสาหกรรมที่เหมาะสม เพื่อยกระดับขีดความสามารถให้กับผู้ประกอบการให้สามารถแข่งขันได้ในระดับสากล
(3) จัดทำฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับเกษตรอุตสาหกรรม ทั้งที่เป็นข้อมูลด้านการประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม ข้อมูลการลงทุน การค้าและบริการผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรม แนวโน้มความต้องการผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรม และข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับหน่วยงาน องค์กรต่าง ๆ ที่สนับสนุนภาคเกษตรอุตสาหกรรม
(4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
(1) ศึกษาและพัฒนาเทคโนโลยี นวัตกรรม กระบวนการผลิตและเครื่องมือกลที่เกี่ยวข้องกับภาคเกษตรอุตสาหกรรม
(2) ดำเนินการถ่ายทอดเทคโนโลยีที่เหมาะสมกับกระบวนการผลิตและเครื่องมือกลที่เกี่ยวข้องกับเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อยกระดับประสิทธิภาพเกษตรอุตสาหกรรมให้มีคุณภาพสอดคล้องกับความต้องการกับภาคอุตสาหกรรม
(3) ให้บริการเครื่องจักรกลการเกษตรเพื่อส่งเสริมและสนับสนุนเทคโนโลยีและนวัตกรรมให้กับผู้ประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม
(4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
(1) พัฒนากระบวนการผลิต เพื่อเพิ่มผลิตภาพในการดำเนินงานด้านต่าง ๆ ที่ช่วยในการเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันให้กับผู้ประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม
(2) พัฒนาคุณภาพ ยกระดับมาตรฐานและผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรม ให้เป็นที่ยอมรับในระดับสากล
(3) พัฒนาผลิตภัณฑ์และบรรจุภัณฑ์เกษตรแปรรูปเพื่อเพิ่มมูลค่าและได้ผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรมใหม่ ๆ สอดคล้องกับความต้องการของตลาด
(4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
(1) ส่งเสริมและพัฒนาระบบบริหารจัดการธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการประกอบการและการแข่งขันให้สูงขึ้น
(2) สร้างและพัฒนานักธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรมเพื่อเพิ่มองค์ความรู้ ขีดความสามารถในการดำเนินธุรกิจและสามารถรองรับการเติบโตของภาคเกษตรอุตสาหกรรมได้อย่างมีประสิทธิภาพ
(3) ส่งเสริม สนับสนุนภาคเกษตรอุตสาหกรรม ให้เกิดการเชื่อมโยงเศรษฐกิจสร้างสรรค์ การท่องเที่ยวและชุมชน
(4) พัฒนาปัจจัยเอื้อต่อการดำเนินการทางธุรกิจ รวมทั้งสร้างโอกาสและขยายช่องทางการตลาดให้มากขึ้น
(5) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย
รับผิดชอบงานสารบรรณและช่วยอำนวยการทั่วไป งานรับ - ส่ง โต้ตอบ เก็บรักษากฎระเบียบ คำสั่ง และเอกสารสำคัญ งานการประชุม สัมมนา ฝึกอบรมภายใน ประสานงาน งานแผนและงบประมาณของกอง งานการเงินและตรวจสอบเอกสาร งานพัสดุ และดำเนินการอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย