กองพัฒนาเกษตรอุตสาหกรรม ประกอบด้วย 4 กลุ่มงานและ 1 ฝ่ายบริหาร ดังนี้ (1) กลุ่มนโยบายและแผนเกษตรอุตสาหกรรม (2) กลุ่มเครื่องจักรกลและเทคโนโลยีการจัดการเกษตรอุตสาหกรรม (3) กลุ่มอุตสาหกรรมและผลิตภัณฑ์เกษตรแปรรูป (4) กลุ่มพัฒนาธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรม (5) ฝ่ายบริหารทั่วไป โดยแต่ละส่วนงานมีหน้าที่ดังต่อไปนี้ กลุ่มนโยบายและแผนเกษตรอุตสาหกรรม (1) รวบรวม ศึกษา วิเคราะห์สภาวะเศรษฐกิจเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อจัดทำนโยบายและมาตรการต่าง ๆ ในการแก้ไขปัญหาภาคเกษตรอุตสาหกรรม (2) จัดทำแผนงานและโครงการ ในการพัฒนาเกษตรอุตสาหกรรมที่เหมาะสม เพื่อยกระดับขีดความสามารถให้กับผู้ประกอบการให้สามารถแข่งขันได้ในระดับสากล (3) จัดทำฐานข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับเกษตรอุตสาหกรรม ทั้งที่เป็นข้อมูลด้านการประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม ข้อมูลการลงทุน การค้าและบริการผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรม แนวโน้มความต้องการผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรม และข้อมูลที่เกี่ยวข้องกับหน่วยงาน องค์กรต่าง ๆ ที่สนับสนุนภาคเกษตรอุตสาหกรรม (4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย กลุ่มเครื่องจักรกลและเทคโนโลยีการจัดการเกษตรอุตสาหกรรม (1) ศึกษาและพัฒนาเทคโนโลยี นวัตกรรม กระบวนการผลิตและเครื่องมือกลที่เกี่ยวข้องกับภาคเกษตรอุตสาหกรรม (2) ดำเนินการถ่ายทอดเทคโนโลยีที่เหมาะสมกับกระบวนการผลิตและเครื่องมือกลที่เกี่ยวข้องกับเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อยกระดับประสิทธิภาพเกษตรอุตสาหกรรมให้มีคุณภาพสอดคล้องกับความต้องการกับภาคอุตสาหกรรม (3) ให้บริการเครื่องจักรกลการเกษตรเพื่อส่งเสริมและสนับสนุนเทคโนโลยีและนวัตกรรมให้กับผู้ประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม (4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย กลุ่มอุตสาหกรรมและผลิตภัณฑ์เกษตรแปรรูป (1) พัฒนากระบวนการผลิต เพื่อเพิ่มผลิตภาพในการดำเนินงานด้านต่าง ๆ ที่ช่วยในการเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันให้กับผู้ประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม (2) พัฒนาคุณภาพ ยกระดับมาตรฐานและผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรม ให้เป็นที่ยอมรับในระดับสากล (3) พัฒนาผลิตภัณฑ์และบรรจุภัณฑ์เกษตรแปรรูปเพื่อเพิ่มมูลค่าและได้ผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรมใหม่ ๆ สอดคล้องกับความต้องการของตลาด (4) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย กลุ่มพัฒนาธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรม (1) ส่งเสริมและพัฒนาระบบบริหารจัดการธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อเพิ่มประสิทธิภาพการประกอบการและการแข่งขันให้สูงขึ้น (2) สร้างและพัฒนานักธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรมเพื่อเพิ่มองค์ความรู้ ขีดความสามารถในการดำเนินธุรกิจและสามารถรองรับการเติบโตของภาคเกษตรอุตสาหกรรมได้อย่างมีประสิทธิภาพ (3) ส่งเสริม สนับสนุนภาคเกษตรอุตสาหกรรม ให้เกิดการเชื่อมโยงเศรษฐกิจสร้างสรรค์ การท่องเที่ยวและชุมชน (4) พัฒนาปัจจัยเอื้อต่อการดำเนินการทางธุรกิจ รวมทั้งสร้างโอกาสและขยายช่องทางการตลาดให้มากขึ้น (5) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย ฝ่ายบริหารทั่วไป รับผิดชอบงานสารบรรณและช่วยอำนวยการทั่วไป งานรับ - ส่ง โต้ตอบ เก็บรักษากฎระเบียบ คำสั่ง และเอกสารสำคัญ งานการประชุม สัมมนา ฝึกอบรมภายใน ประสานงาน งานแผนและงบประมาณของกอง งานการเงินและตรวจสอบเอกสาร งานพัสดุ และดำเนินการอื่น ๆ ตามที่ได้รับมอบหมาย

กองพัฒนาเกษตรอุตสาหกรรม (Innovative Agriculture-Industry Development Division : IAID) เป็นหน่วยงานภายในของกรมส่งเสริมอุตสาหกรรม จัดตั้งขึ้นเมื่อวันที่ 27 กุมภาพันธ์ พ.ศ. 2563 มีวัตถุประสงค์เพื่อรองรับการส่งเสริมและพัฒนาด้านเกษตรอุตสาหกรรมตามนโยบายของรัฐบาล โดยการเชื่อมโยงตั้งแต่เกษตรกรต้นน้ำไปจนถึงผู้ผลิตกลางน้ำ และส่งต่อให้ผู้ทำการตลาดปลายน้ำ อันจะเป็นการยกระดับรายได้ และสร้างความเข้มแข็งให้เศรษฐกิจฐานรากในองค์รวม และเพื่อให้เกิดความคล่องตัวในการปฏิบัติงาน หน้าที่ความรับผิดชอบ (1) ศึกษาสภาวะของเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อจัดทำแผนงานและโครงการในการพัฒนาเกษตรอุตสาหกรรมที่เหมาะสม เพื่อสนับสนุนให้ผู้ประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม มีขีดความสามารถในการแข่งขันอย่างมีประสิทธิภาพ (2) ศึกษาและพัฒนาเทคโนโลยี นวัตกรรม ภูมิปัญญา กระบวนการผลิตและเครื่องมือกลที่เกี่ยวข้องกับเกษตรอุตสาหกรรม รวมทั้งดำเนินการถ่ายทอดเทคโนโลยีการแปรรูปที่เหมาะสม เพื่อยกระดับกระบวนการผลิตผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรมให้มีประสิทธิภาพยิ่งขึ้นและให้ได้ผลผลิตที่สมบูรณ์มีคุณภาพสอดคล้องกับความต้องการของตลาด (3) ส่งเสริมและพัฒนาระบบบริหารจัดการธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรม เพื่อเพิ่มผลิตภาพในการดำเนินงานด้านต่าง ๆ ที่ช่วยในการเพิ่มขีดความสามารถในการแข่งขันให้กับผู้ประกอบการเกษตรอุตสาหกรรม (4) พัฒนาผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรมเพื่อเพิ่มมูลค่าของผลิตภัณฑ์ รวมทั้งพัฒนาให้เกิดผลิตภัณฑ์เกษตรอุตสาหกรรมใหม่ ๆ ที่จะช่วยสร้างโอกาสทางการตลาดให้มีการขยายตัวมากขึ้น (5) สร้างเครือข่ายและเชื่อมโยงระบบห่วงโซ่อุปทานของเกษตรอุตสาหกรรมให้เกิดการเกื้อหนุนซึ่งกันและกัน ในการพัฒนาการประกอบการ รวมทั้งสนับสนุนให้เกิดการขยายการลงทุนหรือสร้างโอกาสการประกอบธุรกิจเกษตรอุตสาหกรรมใหม่ ๆ อย่างต่อเนื่อง (6) ให้บริการข้อมูลสารสนเทศที่เกี่ยวข้องกับเกษตรอุตสาหกรรม รวมทั้งให้คำปรึกษาแนะนำในการยกระดับคุณภาพของเกษตรอุตสาหกรรม (7) ปฏิบัติงานร่วมกับหรือสนับสนุนการปฏิบัติงานของหน่วยงานอื่นที่เกี่ยวข้องหรือที่ได้รับมอบหมาย